Sveikatos apsaugos sistemą sudaro įvairios institucijos, atsakingos už skirtingas sveikatos apsaugos sritis.
Lietuvoje aukščiausia valdžios institucija sveikatos sektoriuje yra Sveikatos apsaugos ministerija.
Sveikatos apsaugos srityje Sveikatos apsaugos ministerija formuoja valstybės politiką tokiose temose kaip ligų prevencija, diagnostika, gydymas, pacientų reabilitacija, sveikatos priežiūros paslaugų organizavimas.
Sveikatos apsaugos ministerija kuruoja įvairių pavaldžių įstaigų darbą. Šios įstaigos turi tam tikrą sveikatos apsaugos sritį, už kurią yra atsakingos:
- Valstybinė ligonių kasa atsako už privalomąjį sveikatos draudimą
- Valstybinė vaistų kontrolės tarnyba, kuri prižiūri medicinos produktų saugą
- Nacionalinis visuomenės sveikatos centras veikia visuomenės sveikatos ir rinkos priežiūros srityse
- Valstybinė akreditavimo sveikatos priežiūros veiklai tarnyba stebi sveikatos priežiūros įstaigų teikiamų paslaugų kokybę
- Ekstremalių sveikatai situacijų centras dalyvauja ekstremalių sveikatai situacijų politikos įgyvendinime
- Nacionalinis transplantacijos biuras kuria sąlygas transplantacijos paslaugų prieinamumui ir kt.
Sveikatos apsaugos ministerija taip pat įgyvendina valstybės, kaip dalininkės, teises ir pareigas keliose asmens sveikatos priežiūros įstaigose: